Trois instances de gouvernance sont en charge de la gestion et de la startégie du projet, des développements scientifiques et de la validation des publications scientifiques et des cartes hydrogéologiques:
Un Comité de Pilotage, basé à N'Djamena, codirigé par Secrétaire Général du MHPV et le Directeur Coopération du Bureau de la Coopération Suisse au Tchad, a pour rôle de définir la stratégie et les priorités géographiques et thématiques du projet.
Le Ministère de l'Economie, du Plan et de la Coopération Internationale et le Ministère de l'Enseignant Supérieur sont membres de ce Comité. La communauté internationale, les bailleurs de fonds et des acteurs du secteur de l'eau participent au comité à titre consultatif et garantissent la bonne synergie du projet avec les autres programmes en cours.
Un Comité Scientifique, basé en Suisse, co-présidé par SE L'Ambassadeur de la République du Tchad en Suisse, a pour rôle de définir les méthodologies mises en place, de s'assurer de la qualité des informations produites et du respect des délais, et, en cas de besoin, de soumettre des recommandations au Comité de Pilotage.
Ce Comité n'a pas de pouvoir décisionnel en matière financière ou contractuelle. Les coordinateurs du projet et les responsables techniques UNITAR-UNOSAT sont membres de ce Comité sans droit de vote.
Un Comité de Lecture, regroupant des cadres dirigeants du MHPV et des scientifiques tchadiens est en charge de valider les informations produites, notamment le contenu des cartes hydrogéologiques et leurs notices explicatives. Ce Comité de Lecture a un rôle prépondérant dans le processus de contrôle qualité des cartes hydrogéologiques avant leur impression par notre partenaire swisstopo. Il est sollicité avant publication des résultats scientifiques.